محمدعلی مرادی خورزوقی، نامی که در شناسنامۀ او به ثبت رسیده است، فرزند شکرالله و حبیبه، در آذرماه 1338 در محلۀ خواجوی اصفهان، که یکی از محله‌های سنتی و قدیمی اصفهان است، به دنیا آمد. او را چه در خانواده و چه در میان دوستان، علی صدا می‌زدند. در میان دوستان، برای اشتباه نشدن با علی‌های دیگر، گاه علی مراد می‌گفتند. پسوند خورزوقی را از شناسنامۀ پدر به ارث برده و این شهر، که در آن زمان روستا بود، زادگاه پدر و تیره و تبار او بود. تولد شناسنامه‌ای او فروردین 1337 ثبت شده‌ است. خودش می‌گفت من قبل از اینکه به مدرسه بروم، خواندن و نوشتن را از برادر بزرگتر و بچه‌های محل یاد گرفته بودم. این یعنی علی در شش‌سالگی، به کلاس اول دبستان می‌رود. بنابراین در چهار پنج‌سالگی خواندن و نوشتن را بلد بود. می‌گفت این پیش انداختن شناسنامه‌ای و درسی به ضررش تمام شد، چون نتوانست همپای هم‌شاگردی‌ها و هم‌سن‌هایش، پیش برود و نوعی جدایی بین آنها ایجاد کرد.
دوران کودکی‌اش را مثل همۀ بچه‌های محله‌های قدیمی اصفهان طی کرد. هنگام باز بودن مدرسه درس می‌خواند و زمان تعطیل شدن مدرسه‌ها «کار» می‌کرد. «کار» یعنی خانه‌هایی که بچه‌های کوچک، دختر و پسر را در تابستانها می‌پذیرفتند، به آنها کارهای گوناگونی یاد می‌دادند و مشغولشان می‌کردند. او بخشی از ساختار آموزشی‌اش را مدیون همین «کار» بود. اگر این خانه ـ کارها نبودند، معلوم نبود که اوقات کودکانی چون او چگونه می‌گذشت. علی توان فکری و جسمی بسیاری داشت. خواهرش می‌گفت الآن که به آن دوره نگاه می‌کنم، هم او و هم اطرافیان و برادر و خواهرهایش سر به سلامت بردند. از بس که شیطان بود و بیش‌فعال. زمانی که این خانه ـ کارها، برافتادند، بچه‌هایی چون او در کوچه و خیابان، قرار و آرام نداشتند. چند اتفاق و شیطنت کوچک، که وجدان او را معذب ساخته بود، حاصل همین دوره است. از جمله آزار دادن طبق‌کش‌ها و دوره‌گردها. به سن نوجوانی که رسید، اوقات فراغت خود را به کار اما از جنس اقتصادی‌اش اختصاص داد. یعنی شاگردی نزد استادکارها. با این انگیزه که بتواند پول بلیت تماشای فیلم را تأمین کند. می‌گفت وقتی دستمزدم را می‌گرفتم، همراه بقیۀ بچه‌ها، پول را در کف دستمان می‌گرفتیم، مشت می‌کردیم، کفش‌هایمان را از پایمان درمی‌آوردیم و زیر بغل می‌گذاشتیم و پای برهنه با هم به طرف یکی از سینماها می‌دویم. تا بتوانیم هر چه زودتر لذت لحظه‌لحظه‌های دیدن فیلم‌های سینمایی را بچشیم. در تابستانها هیچ فیلمی را از دست نمی‌دادیم.
خودش می‌گفت یادگیری درسی من همانی بود که معلم سر کلاس می‌گفت. مشق‌هایم را همان‌جا می‌نوشتم تا بعد از مدرسه وقتم برای کار کردن و سینما رفتن را از دست ندهم. نمره‌هایش همیشه بالا بود. دست‌خطش هم خوب بود. با وجود آن، ولع فیلم دیدنش تا نوجوانی ادامه داشت، اگر چه بعد از آن تا پایان عمرش، از علقه‌اش به سینما کاسته نشد. اما در سال‌های دبیرستانی، چیز دیگری توجه او را جلب کرد: کتاب. کتاب‌ها جلوۀ دیگری از زندگی را برایش گشودند که تا پایان عمرش گشوده باقی ماند. می‌گفت حالا دستمزدش را صرف خریدن و یا کرایه کردن کتاب‌ها می‌کرد: رمان‌ها، کتاب‌های دینی، کتاب‌های علمی، کتاب‌های فلسفی. کتاب‌ها انرژی ذهنی‌اش را پاسخ می‌دادند، اما برای تخلیۀ انرژی جسمی‌اش، راه حلی یافت: فوتبال. اول گل‌کوچک، اما به زودی استعداد خود را یافت و با چند مسابقۀ دبیرستانی، جای خود را در تیم ذوب‌آهن، یکی از تیم‌های رتبۀ نخست اصفهان باز کرد. می‌گفت همه را دریبل می‌زد، بجز عبدالعلی چنگیز.
ترکیب کتاب و فوتبال و سینما، فضای جوانی او را پوشش می‌داد. اما در سالهای پایانی دبیرستان، شور انقلاب، آتشی به جان جوانان انداخت. علی نیز به یکباره خود را در وسط این معرکه یافت. دیپلمش را که در سال 1355 در رشتۀ ریاضی گرفت، بی‌آنکه زحمت چندانی بکشد، در رشتۀ مهندسی صنایع دانشگاه صنعتی تهران (شریف) قبول شد. اما رغبتی به ادامۀ تحصیل در این رشته نداشت. دوست داشت که به آموزش کودکان این سرزمین در دورترین نقاط روستایی بپردازد. از این ‌رو به سربازی رفت و سپاهی دانش شد.
پس از خدمت، تمامی فضای فکری کشور را شور و هیجان انقلاب پر کرده بود. در حالی که عضو یکی از گروههای انقلابی مذهبی شده بود، در اولین تظاهرات و درگیری‌های ابتدای انقلاب شرکت کرد. می‌گفت من جزء نخستین کسانی بودم که حکومت نظامی اصفهان را بر هم زدم. اما با پیشرفت انقلاب و سر برآوردن انواع گوناگون کتاب‌های دگراندیش، به‌ویژه کتاب‌های چپ‌گرایانه، به این اندیشه‌ها روی آورد و با پیروزی انقلاب، در میان تمام اندیشه‌های چپ‌گرایانه، مشی حزب تودۀ ایران را به دلیل گرایش این حزب به سمت اندیشه‌ورزی و کار با توده‌های تهیدست شهری و روستایی و امکان فاصله گرفتن از فضای ملتهب روشنفکری پذیرفت. از همان ابتدای عضویت خود در این حزب، به کار سازمان‌دهی روستاییان پیرامون اصفهان در تشکل‌های صنفی و تعاونی پرداخت. به دلیل جدیت، ابتکار و هوشمندی بسیار، به‌سرعت در بالاترین رده‌های سازمان روستایی این حزب جای گرفت و تا سال 1360 به یکی از اعضای مؤثر این حزب با سمت عضویت در کمیتۀ ایالتی اصفهان تبدیل شد. همین سرعت دستیابی به موقعیت بالای حزبی، سبب شد که در زمان دستگیری‌ها در سال 1362، سخت‌ترین بازجویی‌ها را تحمل کند. با وجود آن، به‌تدریج شخصیت قدرتمند روحی او موجب برانگیختن احترام بازجویان و زندانبانان و حتی هم‌بندان او شد. در مدت شش سالی که در زندان بود، گاه فرصت‌هایی برای دریافت انواع کتاب‌های مجاز فراهم می‌شد. برای او تفاوتی نمی‌کرد که این کتاب‌ها چه باشند، از علامه طباطبایی، مرتضی مطهری، حائری یزدی، عبدالکریم سروش، سید محمد بهشتی و محمدتقی مصباح تا اقتصاد کلان و خرد، ریاضیات و فیزیک دانشگاهی، معماری و شهرسازی، تاریخ علم و فلسفه، کانت و هگل و روشنگری.
در پایان سال 1367 پس از آزادی از زندان، حدود شش ماه در ایران ماند و سپس برای آموختن فلسفه به آلمان رفت. در آنجا، علاوه بر آموزش زبان آلمانی، ناچار شد دوباره دورۀ دبیرستان را طی کند و دیپلم آنجا را بگیرد تا وارد دانشگاه شود. دوره‌های لیسانس و فوق لیسانس در فلسفه را با مطالعۀ بنیادهای فلسفۀ روشنگری و پژوهش در مفهومِ مفهوم در فلسفۀ کانت و دورۀ دکتری خود را در دانشگاه برلین با پژوهش در فلسفۀ فیشته به پایان رساند.
در طول حدود 18 سال اقامت در آلمان، بارها به سازمان‌دهی گروههای مطالعاتی، انجمن‌های اندیشه و فکر و فلسفه، تشکیل کتابخانه و جمع‌های کتابخوانی پرداخت. نهادهایی که برخی از آنها هنوز هم پا برجا هستند و فعالیت خود را ادامه می‌دهند. او پس از پایان تحصیلات دانشگاهی در سال 1386، بی‌درنگ به ایران بازگشت و از همان روزهای نخست، طرح بزرگ خود برای آموزش بنیادهای فلسفۀ آلمان را پی‌ریزی کرد. او مهمترین فیلسوفان و قله‌های تفکر اروپایی را در سه چهرۀ شاخصِ ایمانوئل کانت، گئورگ ویلهلم هگل و مارتین هایدگر خلاصه می‌کرد و معتقد بود که برای تسلط بر فلسفۀ اروپایی، لازم است کتاب‌های اصلی آنها، یعنی سنجش خرد ناب، سنجش خرد عملی و سنجش نیروی داوری از کانت، پدیدارشناسی جان، دانش منطق و فلسفۀ حق از هگل و بالاخره، هستی و زمان از هایدگر در سطح نخبگان فکری، علمی، فلسفی و هنری ایران خوانده شوند. در کنار آنها آثار فیلسوفان و اندیشمندانی همچون فیشته، شلینگ، شوپنهاور، مارکس، نیچه، هوسرل، کاسیرر، وبر، گادامر و دیگران نیز اهمیت درجۀ دوم دارند.
تسلط بر بنیادهای فلسفی اروپایی از آن رو برای مرادی اهمیت داشت که ایرانیان از ابتدای دورۀ مدرن، هیچ‌گاه به‌طور جدی بر این مبانی، که دنیای مدرن بر شالودۀ آنها پایه‌گذاری شد، تمرکز نکرده و صرفاً به مصرف محصولات دانشی آنها پرداخته‌اند. از این رو، یکی از بنیادهای حصول علم در ایران، تسلط بر این مبانی و فرا رفتن از آنهاست.
مرادی در ده سال پایانی عمرش، چند بار به خوانش این متن‌ها پرداخت. به تعداد زیادی از پایان‌نامه‌های دانشجویی کمک کرد. تعداد زیادی مقاله، یادداشت، سخنرانی و مصاحبه از خود به یادگار گذاشت. چند کتاب در دست تألیف داشت که از جملۀ آنها، «تفکر در تنگنا»، «پدیده‌شناسی زاینده‌رود: اتمسفر زاینده‌رود به‌مثابۀ میراث فرهنگی»، «سنجش‌های بی‌سرانجام»، «خرد و باغ ایرانی و هفت مقاله‌ی دیگر در علوم فرهنگی» و «مبانی فلسفی علم فرهنگ» گفتنی هستند.
محمدعلی مرادی خورزوقی، سرانجام در روزهای پایانی تیرماه 1397 دچار بیماری‌های گوناگون روده‌ای و ریوی و کلیوی ناشی از نارسایی قلبی شد و پس از چند روز جراحی و مراقبت ویژه، در 31 تیرماه، در 59 سالگی درگذشت. او را در قطعۀ نام‌آوران در باغ رضوان اصفهان، در میان حزن و اندوه خانواده، هم‌محلی‌ها، دوستان و شاگردانش به خاک سپردند.