روش ارسطو درگذر ایام بیشتر به وجه قیاسی محدود شد و ابعاد حسی و تجربی آن کنار گذاشته شد. با ورود به دوران جدید و ظهور گالیله، نحوۀ نگرش به طبیعت به‌گونه‌ای دیگر شد. گالیله به عبارتی با میراث ارسطو به درگیری برخاست یا شاید بتوان گفت که به ارسطوی واقعی در یونان برگشت نه به ارسطویی که لاتینی شده بود و در خلال این لاتینی شدن روح مسیحیت را به خود گرفته بود.
 
گالیله چندان رادیکال ارسطو را نقد نکرد. کسی که کوشید این مهم را سامان دهد بیکن بود که در مقابل منطق ارسطو ارغنون نو را نوشت. بیکن به راین نکته تأکید کرد که اولین شرط ضروری پژوهش علمی این است که پژوهشگر خود را از قید پیش‌داوری‌ها و تمایلات قبلی رها سازد. بدین شکل که همچون کودکی در مقابل طبیعت قرار گیرد. دکارت اما برخلاف بیکن بر آن بود تا کار کاوش و پژوهش را با اصول آغاز کند. دکارت انتظار داشت که اصول عام و کلی به‌دوراز شک و تردید باشد؛ ازاین‌رو به دنبال اصول شفاف و یقینی بود؛ اما یکی از مهم‌ترین دانشمندانی که نقش بسیار در این مورد داشت نیوتن بود. او به‌طور عمده علیه آراء دکارت و پیروان او سمت‌گیری کرد تا قوانین را فارغ از اصول متافیزیکی استخراج کند. او در کتاب دوران‌ساز خود «اصول ریاضی فلسفه طبیعی» روش تحلیل و تألیف را صورت‌بندی کرد. این روندی بود که سرنوشت علوم را رقم زد و امر پژوهش را پایه دانش قرار داد.
 
این سویه اجمالی تحول در امر پژوهش بود، اما باید به سویۀ علمی آن نیز پرداخته شود و آن همانا سازمان‌دهی پژوهش است. مهم‌ترین سازمان پژوهشی دانشگاه است، اما این نهاد یعنی دانشگاه با چه ساز کاری امر پژوهش را سازمان‌دهی می‌کند؟ چراکه امر پژوهش امری فردی نیست بلکه موضوعی اجتماعی است. پس بلافاصله مسئله مدیریت امر پژوهش مطرح می‌شود و اینکه چگونه و چه کسی پژوهش را مدیریت می‌کند؟ اینجا است که باید پژوهش‌ها را دسته‌بندی کرد و از پژوهش بنیادین و پژوهش کاربردی نام برد.
 
پژوهش بنیادین امری است که می‌کوشد در مبانی بیندیشد و مبانی را موردانتقاد قرار دهد. یا اینکه مبانی را دوباره بازسازی کند. این مسئله در تمامی عرصه‌های علوم صادق است. چراکه از رهگذر این پرداختن به مبانی است که شالوده‌های جامعه می‌توانند بازبینی و بازسازی شوند. این پژوهش بنیادین در نهاد دانشگاه سامان پیدا می‌کند و متکی به کتابخانه‌های مجهز و تخصصی و آرشیو نشریات و مجلات است؛ اما یکی از مهم‌ترین مؤلفه‌های پژوهش بنیادین، مدیریت آن است که از سوی استاد یا پروفسور صورت می‌گیرد. اینجا است که پروفسور فرم و نحوه آموزش را با امر مشاوره گام‌به‌گام و تدریجی از هم تفکیک می‌کند و می‌کوشد پژوهش بنیادین را هدایت و مدیریت کند. از همین طریق انباشت دانش صورت می‌گیرد و پایه‌های ذهنی و سوبژکتیو مستحکم می‌شود، یا اینکه با رویکرد انتقادی و بر آن پایه گرایشی نو بارور می‌شود.
 
در کنار پژوهش بنیادین باید از پژوهش کاربردی نام برد که بیشتر با اتکا به پژوهش‌های بنیادین مذکور، به کارآمدی یا کاربردی بودن پژوهش توجه می‌شود. این نوع پژوهش بیشتر در مشاوره با مدیران اجرائی برای جلو بردن امر اجرا انجام می‌گیرد. کار پژوهش کاربردی از سوی موسسه‌هایی که در این زمینه سامان‌یافته‌اند صورت می‌گیرد؛ بنابراین بدون توجه به نحوه سازمان‌دهی سازمان و مدیریت پژوهش نمی‌توان این پژوهش را سامانی بهینه داد. عدم تفکیک شفاف و جدی این نوع نحوه پژوهش در امر پژوهش نمی‌تواند آن کارکردی که لازم است را تأمین کند.